کووڈ-۱۹ کی دوسری لہر کے دوران ماہ اپریل ومئی میں پورے ملک میں بے شمار اموات واقع ہوئیں ۔ ہر طرف شدید افراتفری ، خوف و ہراس اور طبی ایمرجنسی کا ماحول تھا۔ اس نازک صورت حال سے دارالعلوم بھی بے حد متاثر ہوا اور یکے بعد دیگرے دارالعلوم سے متعلق متعدد افراد کا انتقال ہوا جن میں دارالعلوم کے درجہٴ علیا کے تین اہم اساتذہ :حضرت مولانا نور عالم خلیل امینی استاذ عربی ادب و مدیر تحریر مجلہ الداعی دارالعلوم دیوبند(تاریخ وفات: ۲۰ / رمضان المبارک ۱۴۴۲ھ مطابق ۳/مئی ۲۰۲۱ء، دوشنبہ ) ، حضرت مولانا حبیب الرحمن اعظمی استاذ حدیث دارالعلوم دیوبند(تاریخ وفات: ۳۰ / رمضان المبارک ۱۴۴۲ھ مطابق ۱۳/مئی ۲۰۲۱ء، جمعرات)، حضرت مولانا قاری محمد عثمان منصور پوری استاذ حدیث و معاون مہتمم دارالعلوم دیوبند(تاریخ وفات: ۸/ شوال ۱۴۴۲ھ مطابق ۲۱/مئی ۲۰۲۱ء، جمعہ) شامل ہیں۔
علاوہ ازیں، دارالعلوم کے درجہٴ فارسی کے استاذ مولانا محمد قاسم صاحب میرٹھی، دفتر اہتمام کے پیش کار جناب عدنان عثمانی صاحب، کتب خانہ دارالعلوم کے ملازم جناب محمد شمیم صاحب اور محاسبی سے جناب ماسٹر صابر صدیقی صاحب کا بھی اسی دوران انتقال ہوا۔